Proses implementasi atau pelaksanaan  terintegrasi ke dalam mata pelajaran, pengembangan diri dan budaya sekolah. Pemerintah melalui Kementerian Pendidikan Nasional telah melakukan berbagai upaya dalam menanamkan nilai-nilai karakter disekolah. Salah satunya adalah dengan membuat buku pedoman sekolah yang dikeluarkan oleh Kemendiknas.
Agar implementasi nilai-nilai pendidikan karakter di sekolah dapat berjalan dengan baik, maka hal yang harus dilakukan, diantaranya: (1) teladan dari guru, kepala sekolah, dan pemangku kebijakan sekolah; (2) pendidikan karakter dilaksanakan secar konsisten dan secara terus menerus; dan (3) penanaman nilainilai karakter yang utama. Nilai-nilai pendidikan karakter juga harus diterapkan lewat kebiasaan kehidupan sehari hari disekolah melalui budaya sekolah (Pedoman Depdiknas,2011:15-20).
 Implementasi Pendidikan Karakter dalam Pembelajaran
Implementasi pendidikan karakter dalam pembelajaran yang dimaksud disini adalah pada mata pelajaran yang ada di sekolah. Implementasi pendidikan karakter dalam pembelajaran harus dilakukan dengan strategi yang matang dengan melihat kondisi dan kemampuan siswa serta lingkungan sekitarnya. Hal tersebut sejalan dengan Wagiran yang menyatakan bahwa:
“Pelaksanaan integrasi karakter dalam pendidikan memiliki prinsip-prinsip umum seperti: (1) tidak mengubah sistem pendidikan yang berlaku, (2) tidak mengubah kurikulum, (3) pembelajaran menggunakan prinsip learning to know, learning to learn, learning to be, dan learning to live together, dan (4) dilaksanakan secara kontekstual sehingga terjadi pertautan antara pendidikan dan kebutuhan nyata siswa” Wagiran (2011:197).
Mengimplementasikan nilai-nilai karakter pada pembelajaran bertujuan untuk menanamkan nilai-nilai pada siswa akan pentingnya pendidikan karakter, sehingga mereka mampu menginternalisasikan nilai-nilai tersebut tingkah laku sehari-hari.
Dalam kurikulum 2013 pengimplementasian nilai-nilai  pendidikan  karakter di setiap mata pelajaran dapat dilakukan dengan mengintegrasikan nilai-nilai pendidikan karakter ke dalam Kompetensi Inti (KI) dan Kompetensi Dasar (KD).
Selanjutnya kompetensi dasar yang dapat diintegrasikan dengan nilai-nilai pendidikan karakter tersebut dikembangkan pada Rencana Program Pembelajaran (RPP). Guru berperan dalam mengintegrasikan dan mengembangkan nilai-nilai karakter ke dalam proses pembelajaran yang menyenangkan dan dapat diterima siswa sesuai dengan Kurikulum.
Proses pembelajaran didasarkan pada upaya menguasai kompetensi pada tingkat yang memuaskan dengan memperhatikan karakteristik konten kompetensi dimana pengetahuan adalah konten yang bersifat tuntas (mastery). Keterampilan kognitif dan psikomotorik adalah kemampuan penguasaan konten yang dapat dilatihkan. Sedangkan sikap adalah kemampuan penguasaan konten yang lebih sulit dikembangkan dan memerlukan proses pendidikan yang tidak langsung (Uji Publik Kurikulum 2013, 2012:5-6).
Bagaimana seorang guru berperan dalam membiasakan nilai-nilai tersebut melalui kegiatan pembelajaran merupakan point penting dalam implementasi pendidikan karakter dalam pembelajaran. Guru mengupayakannilai-nilai yang telah tertuang dalam kurikulum tersebut agar mendorong siswa untuk menjadikannya sebagai suatu pembiasaan dan tidak merasakannya sebagai sebuah beban.